如果员工辞职但不愿意转走档案，企业需要及时与员工沟通，并尽可能协商解决。如果员工有合理的理由，企业应该充分考虑，并遵循劳动法的规定处理。如果员工没有正当理由，企业可以采取法律措施强制员工转走档案。但是，在处理此类事务时，企业应该尊重员工的权益并妥善处理，以维护企业和员工的良好关系。