支付宝查企业是否有痕迹取决于具体情况。如果企业开通了支付宝企业账户，那么支付宝上所有的交易记录都会被保留，包括转账记录、消费记录、理财记录等。这些记录都可以被支付宝工作人员调取查询。

如果企业没有开通支付宝企业账户，那么支付宝上就不会有该企业的任何交易记录。因此，支付宝查企业是否有痕迹取决于企业是否开通了支付宝企业账户。