区别是位置和功能不同。昆明站位于昆明市官渡区太和街道，北京路最南端；而昆明南站地处昆明市呈贡区吴家营街道。两个站点距离很远。昆明站是普速列车与动车混用的火车站，而昆明南是高铁站。