新版社保系统的减员操作，具体步骤如下：

1. 使用个人社保账号登录当地新版社保系统。

2. 在系统主页找到减员模块，点击进入减员页面。

3. 根据系统的指引，填写减员相关信息，包括被减员人员的基本信息、减员原因等。

4. 提供减员所需的相关证明材料，如离职证明、解除劳动合同等。根据系统要求上传或提交。

5. 提交减员申请，并等待社保部门的审核。

6. 审核通过后，系统会生成减员确认函或减员通知书，这取决于具体情况。

7. 根据减员确认函或减员通知书的指引，按照要求进行后续的手续完成减员操作。