组织分离方法获得食用菌菌种的理论依据主要是细胞的全能性，即任何细胞在适宜条件下都能发育成新个体。这意味着从食用菌的子实体中分离出的组织块，经过培养，可以发育成为完整的菌种。

注意事项方面，首先要确保操作环境的无菌性，防止杂菌污染。同时，选择的子实体应健壮且无病虫害，以提高菌种的质量。在分离过程中，操作要迅速且准确，避免对组织造成损伤。此外，不同品种的食用菌在组织分离时的具体操作可能有所不同，需要根据实际情况进行调整。最后，获得的菌种需要经过进一步的纯化和鉴定，确保其纯度和稳定性后才能用于生产。