如果因为医保系统升级导致住院费用被误算为自费，你可以按照以下步骤进行处理：

1. 收集证据：保存好所有的医疗费用单据和证明，包括住院费用清单、医保卡、身份证等。

2. 联系医院：与住院医院的医保科或相关部门联系，说明情况，并提供相关证据。请医院协助处理误算的费用。

3. 联系医保部门：如果医院无法解决，可以联系当地的医保部门，说明情况并提供相关证据。请医保部门协助处理误算的费用。

4. 补办医保手续：如果系统升级导致你的医保卡无法正常使用，可以到医保部门补办相关手续，确保医保卡可以正常使用。

5. 提交申诉：如果以上步骤都无法解决问题，可以向当地的医保部门或社保部门提交申诉，要求对误算的费用进行纠正。

请注意，具体的处理方式可能会因地区和医保政策的不同而有所差异。建议你在采取行动前先咨询当地的医保部门或社保部门，了解具体的处理流程和要求。