重庆灵活就业人员转城乡居民医疗保险能在手机上缴纳，可以通过“重庆税务”微信公众号进行缴纳。具体步骤如下：

1.微信搜索“重庆税务”，进入重庆税务微信公众号，依次点击【网上办税】-【居民社保】进入登录界面（个人业务）；

2.登录后点击【灵活就业人员】下的【社保缴费办理（费款申报、缴纳）】；

3.选择为本人缴纳或者为他人缴纳，并根据提示填报相关信息，点击下一步；

4.勾选“灵活就业人员基本医疗保险”和“灵活就业人员大额医疗保险”后，点击下一步，确认金额提交，进行缴费即可。

如果你在缴纳过程中遇到问题，可以咨询当地的社保部门。