邻近深圳口岸的香港大学有：香港中文大学（深圳）：位于深圳福田区，与皇岗口岸仅一河之隔。

香港城市大学（深圳）：位于深圳龙岗区，距离皇岗口岸和文锦渡口岸均不远。

香港理工大学（深圳）：位于深圳南山区，靠近深圳湾口岸。