纸杯蛋糕可以放两层进行烤制，但需要注意以下几点：
1.烤箱空间：确保你的烤箱有足够的空间来容纳两层纸杯蛋糕。
2.均匀受热：两层蛋糕可能会影响热量分布，导致烘烤不均匀。可以在烤制过程中适时调换烤盘位置，以确保蛋糕受热均匀。
3.烤制时间：可能需要适当延长烤制时间，以确保两层蛋糕都能熟透。
4.观察状态：密切观察蛋糕的烤制状态，避免表面焦糊或内部未熟的情况。
5.烤盘高度：注意烤盘之间的高度，以保证下层蛋糕不受上层蛋糕的影响。
6.预热烤箱：在放入蛋糕前，务必按照食谱要求预热烤箱。
如果你是初次尝试两层烤制，建议：
7.分两层烤制：先尝试一层，熟悉烤制效果后再尝试两层。
9.注意安全：使用烤箱时要注意安全，避免烫伤。