不合法，公司公积金不能只交部分员工。根据《劳动合同法》的规定，雇主应当依法为所有员工办理社会保险和住房公积金，保障员工的基本权益。

进一步来说，公司公积金的缴纳是企业应尽的社会责任，不仅体现了企业的社会担当，而且可以提升企业员工的福利待遇和企业员工的归属感。

如果企业不按规定缴纳公积金，可能会面临劳动争议和罚款等风险。因此，公司公积金应该是全员参加、全员缴交。