第一，二者性质不一样。企业作为一般纳税人，综合所得不含代扣代缴的税费，其综合所得只是企业生产经营活动应缴纳的税费。

第二，企业综合所得与履行扣缴义务代扣代缴义务所扣税费要分别申报。