可以。跨区域的分公司可以根据实际情况，经过协商和会议决定，合并成一个新的分公司并申报。合并后的新分公司应按照规定注销原有的分公司，并重新填写材料进行注册申报手续。在合并申报过程中，需要注意人员调配、资产负债表的统一和纳税情况等问题。