合同档案归档最佳方法包括以下几点：

1. 确定归档部门：合同档案应交由企业档案管理部门进行归档，如法务部门或行政部门。

2. 建立合同登记制度：合同签订前后的所有文件都应纳入归档范围。合同签订后的文件作为第一部分归档，后期变更、付款等文件作为第二部分归档。

3. 电子档案管理：充分利用合同系统，将合同电子文件与纸质文件保持一致，便于检索和管理。

4. 客户信息汇总：通过签署合同收集客户信息，并建立客户档案，便于日后查询。

5. 设立客户评价系统：对合同履行过程中的客户进行评价，为后续合作提供参考。

6. 定期汇总、整理合同：按照《合同法》的相关规定，对合同进行分类、分析，确保档案的完整性和准确性。

7. 合同分类管理：根据企业特点和合同种类进行分类归档，如在档案分类中设立单独的合同归档类别。

8. 制定相关规章制度：企业应制定合同档案管理的规定，明确合同归档的时间、流程和要求，确保档案管理的顺利进行。

9. 培训相关人员：加强对合同管理人员的相关培训，提高合同档案管理的水平和效率。

10. 合同档案的利用与保管：合同档案在保管过程中，应确保档案的完整、安全、方便查阅。同时，充分利用档案信息，为企业决策提供支持。

综上所述，合同档案归档最佳方法涉及多个方面，需要从归档部门、电子档案管理、客户信息汇总、合同分类管理、规章制度、人员培训以及档案利用与保管等方面进行综合考虑。通过这些方法，有助于确保合同档案的完整、准确、高效利用。