本田理念S1更换离合器的费用一般在1000-3000元之间，具体费用还需要根据不同地区和不同车店的价格定价。此外，还需要考虑到零部件的品牌、型号等因素，对费用会有不同的影响。建议车主可以提前询问多家车店，比较价格并选择有信誉的汽修店进行更换离合器的服务。同时，及时保养和维护车辆可以延长离合器寿命，减少更换离合器的频率和费用。