内部承包协议适用专属管辖。

根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条的规定，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷等不动产纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。

所以，内部承包协议纠纷属于专属管辖的范畴。