在编教师在三年内辞职可能会有以下几种后果：
1. **违约金**：根据《教师法》《事业单位工作人员管理条例》以及当地体制内组织的规章制度政策，编内教师未满服务期离职，可能需要支付违约金（各地2-5万元不等）
2. **诚信档案**：此外，还可能会被记入诚信档案，这可能会对个人的信用产生影响
3. **档案调动困难**：档案的调动也可能会有所困难，这可能会给教师本人的未来就业带来不便
4. **影响未来的职业发展**：如果在服务期限内离职，可能会影响教师继续报考事业单位或者其他公共服务部门的工作
5. **影响个人声誉**：在一些地方，教师在服务期限内离职可能会被视为不守信用，这可能会影响到个人的声誉和社会评价。