持有二代身份证、港澳居民居住证等有效身份证件的旅客均可刷证进出站。旅客在香港可使用12306网站、APP购买广深港高铁的车票。

东莞南站前往香港的旅客，采用“一地两检”，进出站时香港旅客可使用港澳居民来往内地通行证或港澳居民居住证，走人脸识别验证闸机“刷卡”通过，也可以通过人工验证通道进站乘车。