商业保险可以赔偿先天性巨结肠，但应根据保险条款和个人保险计划的覆盖范围确定赔偿金额和限制条件。对于先天性巨结肠等严重疾病，商业保险可能会配置更高的保额或额外的保险附加保障，以满足投保人选择享有更好的医疗保障的需求。

但投保人应该认真阅读保险条款和条件，了解其具体权益和限制，以便在需要时获得最大保障。