深圳和惠州虽然隔了一定的距离，但是都属于广东省，而且广东省的行政区划相对比较松散。因此，在深圳注册的公司可以在惠州开实体店。注册公司时需要注意营业执照上的经营范围是否包含惠州地区，如果不包含，则需要在营业执照上追加经营范围，并进行相关手续的补充和变更。总之，如果符合相关法规和手续要求，深圳注册公司是可以在惠州开实体店的。