是否合法需要根据具体情况来判断。以下是一些需要考虑的因素：
1. 公司政策：如果公司有明确的规章制度，规定上班迟到会给予书面警告并扣除十三薪，并且这些规定在员工入职时已经明确告知，那么在一定程度上可以认为是合法的。
2. 合同约定：员工与公司签订的劳动合同中可能包含有关迟到和纪律处分的条款。如果合同中明确约定了类似的处罚措施，那么这也可以被视为合法。
3. 合理性和公正性：扣除十三薪是否合理需要综合考虑迟到的频率、严重程度以及对工作的影响等因素。如果迟到是偶尔且可以理解的情况，或者扣除的金额过高，可能会被认为不合理或不公正。
4. 法律法规：不同地区的法律法规对员工权益和工资支付有具体的规定。在某些情况下，扣除工资可能受到限制或需要遵循特定的程序。因此，需要参考当地的法律来确定是否合法。
如果员工对公司的处罚决定存在异议，可以采取以下步骤：
1. 与上级或人力资源部门沟通：首先，员工可以与直接上级或人力资源部门进行沟通，解释迟到的原因，并提出自己的看法和质疑。