如果公司因为员工中度脂肪肝拒绝入职，这是不合法的。根据中国的劳动法规，公司不能以员工的健康状况为由拒绝其入职，除非该健康状况可能严重影响到其工作能力或可能对他人构成威胁。而脂肪肝，尤其是中度脂肪肝，通常不会对他人构成威胁，也不会影响工作能力。

然而，公司可能需要员工在入职前进行体检，以确保员工的健康状况不会影响到工作。在这种情况下，如果体检结果显示员工有中度脂肪肝，公司可能需要进一步了解员工的健康状况，例如询问医生或要求员工提供医疗证明。但是，公司不能仅凭此就拒绝员工的入职。

请注意，具体的法律规定可能因地区而异，因此建议咨询当地的劳动法律专业人士以获取更准确的信息。