等待三天才扣费短信可能是由于通信服务商需要一定的时间来处理和确认用户的短信使用情况。在发送短信之后，需要一定时间来检验和统计短信的数量和使用情况，然后再进行费用的扣除。此外，可能还需要一定时间来与其他运营商进行结算和确认。因此，需要三天才来扣费短信可能是由于这些复杂的运营程序和结算流程所致。

同时，也可能是为了让用户有足够的时间来确认他们的通信费用，以便避免因为结算问题而产生纠纷。