根据一般的情况，如果社保银行卡余额不足以扣款，银行可能会尝试扣除部分款项。然而，具体的扣款政策可能因银行和地区而异。建议您及时充值社保银行卡以确保足够的余额，以避免可能的扣款问题。如有疑问，请咨询您所在地的银行或社保机构以获取准确的信息。