蕨类植物有根、茎、叶组成。并有维管系统，既是高等的孢子植物，又是原始的维管植物。蕨类植物的根通常为为假根，不能吸收水分，仅有固定作用。

茎多为地下茎（根状茎）或地上茎（气生茎），维管系统的重要组成部分中柱通常分为原生中柱、管状中柱、网状中柱、多环中柱，其存在的目的是保护蕨类植物的毛和鳞片。