中科三环和中科磁业的不同在于它们涉及的领域不同。

中科三环是一家专注于制造光电器件的公司，主营业务包括光电系统、LED显示、光纤通信等领域；而中科磁业则是一家研发和生产磁性材料的公司，主要产品包括软磁材料、磁性信息存储材料等。

虽然它们都是中科院控股的公司，但其核心业务不同，从而导致公司的经营战略、竞争环境等方面也有所区别。