种蛋堆在一起消毒并不意味着不彻底。在进行消毒时，应该采取适当的措施，例如使用高效的消毒剂、控制温度和湿度等，以确保每个蛋都能被彻底消毒。

此外，也应该注意蛋的质量，排除有损坏或其他问题的蛋，以确保消毒效果。虽然种蛋堆在一起消毒可能会增加一些操作难度，但只要采取合适的措施，消毒效果仍然可以得到保证。