要设置支付宝智慧校园的自动扣费，先需要绑定相关的银行卡或支付宝账户，并将其设为默认支付方式。

然后，在校园缴费模块中选择需要设置自动扣费的项目，点击“开通自动缴费”并选择扣费时段和金额等信息。

设置完成后，系统会自动在设定的时间段内从绑定的银行卡或支付宝账户中扣除相应的费用，方便快捷。