南五马路站共设4个出入口,分别布置在南京南街东西两侧,其中a1出入口设置在利和药房和白癜风医院门前,a2出入口设置在大润发东门门前,d1出入口设置在邻近体育公园处,d2出入口设置在金水蓝湾西侧。