办理慢性疾病证（如甲状腺功能减退症）通常需要以下手续和资料：

有效身份证件：身份证、户口本等。

病历资料：包括诊断证明、检查报告、治疗记录等，需由医生出具。

医保卡：如有医保，需携带医保卡。

申请表格：填写相关申请表格，如《慢性病诊疗申请表》等。

其他证明材料：根据当地政策和医院要求，可能还需要提供其他相关证明材料。

具体流程和所需资料可能因地区和医院而异，建议提前咨询当地社区卫生服务中心或医院了解详细要求。