超体中心晶体刷新的时间是固定的，每天的服务器时间为凌晨4点，此时会进行一次全服刷新。此外，在每场超体战结束后也会进行一次个人超体中心晶体的刷新。因此，玩家可根据这两个时间节点及时进行收取和攻打，以便获取更多的超体材料和奖励。