1 AFLP分子标记的原理是将DNA先用限制酶切割，再进行连接反应，使用PCR扩增出具有特定大小的DNA片段，然后通过凝胶电泳进行分离并观察。

2 AFLP分子标记的原理是利用限制酶随机切割基因组DNA的方法生成多个小片段，并在两端标记适当的引物序列，再通过多聚酰胺凝胶电泳分离出大小不等的DNA条带。

3 通过分析末端标记不同或长度不同的DNA片段，可以得到不同的DNA条带图谱，从而判断不同物种或基因在DNA水平存在的差异和相似性。

该技术已被广泛应用于遗传、进化、种群遗传学等领域的研究。