异地就医窗口办和手机办理的区别主要体现在办理方式、办理时间、办理流程和准备材料上。

办理方式：异地就医窗口办需要参保人员携带异地就医备案材料，在各县（市、区）医保经办大厅、15分钟医保服务圈以及便民服务点窗口填写异地就医登记备案表，经办人员审核参保人提供的备案材料，并根据参保人填写的信息进行备案登记。而手机办理则可以通过自助办理和院端办理两种方式，自助办理需要参保人员携带异地就医备案材料，在各县（市、区）医保经办大厅、15分钟医保服务圈以及便民服务点的自助一体机上自行办理备案登记；院端办理则需要到设区市外医疗机构继续就医的参保人员，可以在全市具有转诊资质的医疗机构的医保办进行备案登记。

办理时间：异地就医窗口办通常在正常工作时间内均可办理，具体时间可能因各地要求而有所不同。而手机办理则不受时间限制，可以随时进行办理。

办理流程：异地就医窗口办需要参保人员前往相关机构进行办理，可能会耗费一些时间和精力。而手机办理则只需在手机上操作即可完成办理，流程相对简单。

准备材料：异地就医窗口办需要准备异地就医备案材料，如异地居住证、单位派遣证明等。而手机办理则需要准备相应的手机设备和相关的异地就医备案材料。

总体来说，异地就医窗口办和手机办理各有优缺点，选择哪种方式取决于参保人员的具体情况和需求。如果参保人员需要到机构进行办理，可以选择异地就医窗口办；如果参保人员方便使用手机进行办理，可以选择手机办理。无论选择哪种方式，都需要提前准备好相关的材料并按照相应的流程进行办理。