防水保护层的切缝填充材料可以使用多种材料，但通常需要考虑材料的耐水性、耐候性、弹性和耐久性等因素。以下是一些常见的填充材料：

防水砂浆：防水砂浆是一种具有防水功能的砂浆材料，可以用于填充防水保护层的切缝。它具有较高的强度和耐水性，可以有效防止水分渗透。

聚氨酯密封胶：聚氨酯密封胶是一种弹性好、耐水、耐候的密封材料，广泛用于建筑物各种缝隙的密封处理。它可以很好地适应切缝的变形，并具有较长的使用寿命。

聚合物水泥防水涂料：聚合物水泥防水涂料是一种结合了水泥和聚合物乳液的防水涂料，可以用于填充和涂抹防水保护层的切缝。它具有较好的粘结力、抗渗性和耐候性。

硅酮密封胶：硅酮密封胶是一种高性能的密封材料，具有优异的耐水、耐候和耐化学腐蚀性能。它可以用于填充防水保护层的切缝，并形成良好的密封效果。

在选择填充材料时，需要根据具体情况进行评估，包括切缝的宽度、深度、位置以及防水保护层的要求等因素。同时，施工过程中需要按照规范进行操作，确保填充材料能够充分填满切缝，并形成牢固的密封层，以达到防水效果。