一般情况下，宠物医院会将绝育手术中去除的动物睾丸处理掉。

这是因为睾丸已经没有了生育功能，而如果直接丢弃或随意处理可能会对环境造成污染。

宠物医院通常会选择将其交由专业处理机构进行焚烧或消毒，以确保对环境的影响最小化。

值得注意的是，如果宠物主人有需要，也可以要求医院将其睾丸保留下来，进行一些特殊处理和保存。