要合并多个文件夹中的PDF文件，可以使用一些软件工具，如Adobe Acrobat，PDFsam和Smallpdf。

首先，将所有需要合并的PDF文件复制到一个新的文件夹中。

然后，打开软件工具，选择“合并PDF”选项，并将新文件夹中的所有PDF文件添加到工具中。

最后，按照软件工具的指示合并所有PDF文件，并保存为一个新的PDF文件。

重复这个过程，直到所有文件夹中的PDF文件都被合并为单个文件。