99版一元5冠的稀少补号主要包括以下几种：一元纸币独立号，在DL、EM、FN、MB四个号段都有；币农独立号，在FA、GA、HA、IA、JA等号段中存在；

艺术家签名号，这种号码通常是在艺术家为纪念币创作的设计上签下自己的名字而出现，一般在DA、EA、FA、GA等号段内；

紫色光变号，这种号码具有独特的紫色变光效果，在EF、FF、GF等号段可以找到。这些稀少补号收藏价值非常高，是99版一元5冠的珍贵品种之一。