春秋战国时先属楚，继属吴、越，再属楚。开皇十八年，改新昌县为清流县，区域属滁州清流县。1912年4月，改滁州为滁县，区域属滁县。1938年11月，属皖北行署第五行政督察区。1943年2月，全椒县部分区、乡划入，改为滁全县。1993年1月，滁县地区撤销，设立省辖滁州市（地级）。同年1月18日，南谯区正式建立，隶属滁州市人民政府。