不能。在香港学校在深圳校区学习并不意味着可以自动获得香港的长期居留证。要在香港获得居留证，需要符合香港移民局的要求，例如符合入境政策和拥有有效的签证。

学生需要独立申请居留证，并且需要满足将要前往香港的工作、学业等条件。

因此，在香港学校在深圳校区学习只能为未来的居留申请提供一些额外的优势，但不能直接获得长期居留证。