国三车可以在深圳保留指标，但需要符合一定的条件。深圳交通委员会规定，国三及以下排放标准的小汽车，在规定的保有量内可办理过户和转移登记，并保留原编制的机动车号牌号码和机动车保有量指标；同时限定老旧车淘汰后，不能再办理机动车注册登记和临时号牌，也不能申领使用过度老旧机动车处理补贴。因此，车主需要注意车的排放标准和保有量指标是否符合规定，以便正确处理相关手续。