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陕西省医保局下属单位有两个：医疗保障权益管理中心和基本医疗保险基金管理中心。

医疗保障权益管理中心，其主要职责：负责参保单位及职工医疗、生育保险关系的建立、变更和注销登记；负责参保职工医疗保险关系的转移、接续、终止等管理工作；城乡居民医保费征缴及信息管理工作，医疗保障基金及医药招标采购的日常监督等工作。基本医疗保险基金管理中心，其主要职责：负责全县城镇职工医疗、生育保险基金及城乡居民医保基金核算、支付、管理工作；慢性病鉴定管理；异地联网结算；医疗救助；医保定点医药机构协议管理等工作。