用Windows自带的格式化工具格式化D盘不会对硬盘造成损坏。格式化只是将D盘上的文件和文件夹全部删除，不会对硬盘的物理结构造成任何损坏。

如果想要彻底删除D盘上的所有数据，可以使用数据擦除工具，但这种操作可能会对硬盘造成一些损害。因此，在格式化D盘时，应谨慎选择格式化工具，避免对硬盘造成不必要的损坏。