三沙市设立的重大意义主要包括：

1. 彰显主权，明确管辖范围；

2. 加强南海地区的国防保卫；

3. 促进南海经济开发建设；

4. 有利于解决渔业纠纷；

5. 提高我国在南海地区的国际地位。