大众id3可以通过在车牌号后添加副号的方式进行注册和使用。首先，车主需要前往车管所办理出行证，领取一张“绿色出行证”和“蓝色溯源证”。然后在车牌号后面添加上“/”，再加上副号的组合，例如“湘A 12345/01”。

最后，在车载导航系统中填写车牌号时，也需要添加相应的副号。添加副号的好处是可以方便地区分不同车辆的使用情况，同时也能提高道路安全管理的效果，降低违法行为的发生率。