病毒文件后缀名被改变后，其是否还能运行主要取决于病毒的特性和修改方式。

一般来说，病毒的运行并不完全依赖于其文件后缀名。有些病毒在编写时就已经考虑了多种传播和隐藏方式，即使后缀名被改变，只要其核心代码没有被破坏，病毒仍有可能继续运行或执行其恶意活动。

然而，有些安全软件或系统可能会根据文件后缀名来判断文件的安全性。在这种情况下，改变病毒文件的后缀名可能会使安全软件或系统无法正确识别其真实性质，从而可能导致病毒在某种程度上被“隐藏”或“绕过”安全检测。

因此，即使病毒文件的后缀名被改变，也不能完全确定其是否还能运行。最安全的做法是，一旦发现疑似病毒文件，应立即使用可靠的杀毒软件进行全面扫描和清除，以确保系统的安全。

另外，定期更新操作系统和杀毒软件，保持系统的安全补丁和病毒库最新，也是预防病毒感染的重要措施。同时，避免随意打开来路不明的邮件附件或下载未知来源的文件，也是防止病毒感染的有效方法。