1.权利凭证不同：抵押权登记后，权利凭证为《不动产登记证明书》或其他法律文书；不登记的抵押权凭证为抵押合同。

2.对抗善意第三人效果不同：经过抵押权登记的，善意第三人可以依据《不动产登记证明书》等法律文书对抵押物享有优先受偿的权利；未经抵押权登记的，善意第三人不得对抗受让人。

3.办理流程不同：办理抵押权的设立、变更、转让等手续，需要进行不动产登记；而办理其他民事权利事项则无需进行不动产登记。

4.影响因素不同：不动产登记后，债权人和债务人之间产生的一系列权益义务关系受到法律保护；未经不动产登记的，债权人和债务人之间的权益义务关系难以确定。